Lorsqu'un nouvel appareil de téléportation se détraque à la foire du millénaire, le jeune Chrono est entraîné dans un voyage à travers le temps afin de secourir son amie des dangers d'un labyrinthe mêlant passé et présent. Une aventure trépidante commence alors, où une force maléfique qui oeuvre à la destruction du monde se révèle, plongeant Chrono dans une course contre la montre pour changer le cours de l'histoire et lui écrire un avenir meilleur.